故事以文明衰退、萬物被雪海覆蓋的星球為舞台。講述人類雖然在巨木「軌道樹」上棲息著，好奇心強的少年 卡納 卻在意外中與雪海王國「亞特蘭德」的公主 莉莉哈 相遇後，展開了改變滅亡世界的奇幻冒險。 本次劇場版中，兩人將前往水源「大軌道樹」的所在之處——由 兵山（ビョウザン）率領的獨裁國家「普拉納特（プラナト）」。面對能自在操弄名為「建設者」兵器、大肆破壞大軌道樹的 兵山，解讀失落「文字」並接近世界真相的 卡納 與 莉莉哈 兩人的最後是——