故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来......

为了拯救危在旦夕的科隆市大教堂，一位建筑师被付以重任。他必须在最短的时间内从非洲找回那颗世界上最大的钻石。这颗钻石原来是作为教堂的镇堂之宝，百年前被盗后运到非洲某地。于是各路人马纷纷出动，目标只有一个，就是那颗钻石。