小时候，日向翔阳从电视上看见排球比赛，乌野高中的一名小个子在球上的英姿，简直就是个“小巨人”。他对此印象非常深刻，并开始迷上排球，一直想成为“小巨人”一样的人。初中时排球部不够人数，他只好默默等待，后来在终于有新成员加入后，参与了第一次也是最后一次的比赛，然而他们不幸与最强队伍对决，结果当然落败了。单凭自己的话，是绝对没办法看见那景色的，不是自己一人的话，或许就能看见了。为了能够打出“胜利”的比赛，翔阳努力考入乌野高中，为实现成为“小巨人”的排球梦想而努力着！

独自居住在东京旧市街的17岁职业将棋棋士——桐山零。 他是个幼时就因为意外失去家人，怀抱着深沉孤独的少年。 出现在这样的他面前的，是明里、日向、桃三姐妹。 与她们的相处后，零开始发生些许改变——。

扎塔天文先锋队在执行任务时，收到了神秘的求救信号。日向、雷等人迅速驾驶盘龙号前往救援，但却被吸进了扭曲的空间中。在扭曲空间里他们发现了一颗行星，而求救信号正是从这颗星球发出的。 正当盘龙号准备降落的时候，半空中突然出现了机械哥莫拉。这头机械哥莫拉一出现就直接攻击盘龙号，盘龙号只好被迫应战。一场激烈交战后，盘龙号被击落，日向船长只好迫降飞船。 当日向、雷等人从飞船出来后，前去寻找求救信号的发出地点。结果他们遇见了其他次元的自己。经过调查，众人发现原来在这个星球上，有神秘的外星人正在进行一项秘密实验，这里