讲述了猎妖师和千年树妖之间的恩怨以及聂小倩、燕赤霞和宁采臣之间的感情纠葛。

浙江人才臣与陕西人燕赤霞邂逅于金华一古庙。夜深，一女子携金元宝忽至才臣床边要与其同床共枕，才臣驱走女子并扔出所留金元宝。次日，后东厢兰陵书生主仆二人莫名暴毙。原来此女叫聂小倩，是一位早年夭亡的少女，尸骨埋于庙旁，夜间以夜叉面目出现，并以色相和金钱引诱生人而食。小倩不忍加害才臣，嘱咐才臣与燕生同眠避祸，日后将其尸骨挖出归葬。燕赤霞乃一炼剑侠士，在夜里他施术击伤一破窗而入的鬼物。才臣不负小倩之托将其尸骨带回重葬，前脚到家，小倩不期而至，母亲对这个来路不明的少女心生疑惑。

九尾狐祸乱人间，玄天宗大师兄带师弟燕赤霞，师妹绛雪等人前去捉妖，经过一番苦斗，燕赤霞成功捉拿九尾取出妖丹，绛雪却被九尾狐抓伤身中剧毒。大师兄告知燕赤霞，绛雪会逐渐变成半妖，每隔七日，若不食人心肝，就会痛入骨髓生不如死，所以必须杀死绛雪，以绝后患。燕赤霞与绛雪此前早已互生情愫，他不忍心看着恋人被杀，便放走绛雪，谁知师傅听说后竟派人赶去杀了绛雪并给燕赤霞下了忘情咒。忘却前尘的燕赤霞变成猎妖师，与缁衣神捕夏凌风联手破获“失心案”和“七窍莲蓬案”，却不料，这两个离奇案件竟都与绛雪有关……

降妖大师燕赤霞将封印在体内的赤狼妖兽转生为小狼女。自此两人携手为民除害。这日，千年古镇月灵山庄一夜之间消失不见，朝廷怀疑是山中天蝎妖兽所为，遂命燕赤霞与“斩妖司”夜天青一同前往查探。 燕赤霞等人几经周折，终于找到被隐形结界的月灵山庄。在进一步寻找天蝎妖兽的踪迹时，却遭到山庄村民的阻止。燕赤霞察觉事情蹊跷，潜伏村中继续查探。同时，他对小狼女的暗生情愫而不自知。而夜天青则被幕后始作俑者黑袍所蛊惑，与燕赤霞间关系逐步恶化。不久，燕赤霞发现整个事件背后的秘密，经过一番争斗，将天蝎妖兽封印，并最终摧毁了黑袍覆灭月灵