四年前的纽约市，蟑螂扩散的病毒造成瘟疫，差点将市内儿童灭绝，在公立学校任教的昆虫专家李美想出以毒攻毒方法：利用蚂蚁及白蚁的DNA研制一种取名「犹太」的新品种蟑螂，借着「犹太」体内的特殊分泌消灭蟑螂的体液，利用它们充当诱饵出卖肆虐的同类，「犹太」潜入蟑螂邋遢的栖息地把带菌蟑螂一网打垮，病毒最后亦得以控制。 破坏计划看似空前成功，人类在四年后的今天还以为顽固的蟑螂绝迹人间，可是，并非所有「犹太」的也在预期中百多日寿命限期内死亡，部份变种成新种类，这种超智版蟑螂能模仿人类，牠们杀害人类后，把受害者的面皮戴上，穿

本次的故事发生在全新的冒险舞台——“合众地方”。其蓝本是第五世代游戏（口袋妖怪黑白）。小智与皮卡丘和新伙伴艾莉丝、天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。