蓝玲市正在面临空前危机。汉堡军团在城市街头四处作乱，破坏街道和建筑，让市民们苦不堪言，但迷你特工队却爆发了激烈的内部矛盾。这一切是由于队长福乐偶然成为了汉堡店的超级模特，难以兼顾迷你特工队的集体任务。小米与福乐为此爆发了激烈的争吵，福乐宣告退出迷你特工队，与伙伴们不欢而散。汉堡店的老板金先生更是从中作梗：“我认为好朋友之间，就应该互相鼓励支持。”在危机之际，福乐终于悔悟，重新加入战斗，迷你特工队得以再度集结并肩作战。联手击败汉堡怪物队长后，整起事件背后真正的幕后黑手也终于出现在迷你特工队面前……

迷你特工队的队长福乐重磅回归，和队员们再次重聚蓝玲市，齐心协力面对新的危机！甲虫将军带领着拥有强大超能力的犯罪团伙——奇虫军团，在蓝玲市肆意抢劫市民的珍贵物品，收集巨额财富。迷你特工队成为了守卫城市的“超级战警”，负责抓捕所有作乱的犯罪嫌疑人，并且帮助所有受到迫害的市民们，把奇虫军团偷盗和抢劫得来的珍贵物品，全都物归原主！迷你特工队燃爆集结，踏上打击邪恶新征途！