拥有与动物通灵能力的小太被神秘组织带到了魔方工业基地总部，在这里遇到了高科技机器人魔方超兽红狮王，成为了魔方战士，联手绿鳄王的搭档小易、蓝犀王的搭档大山等其他魔方战士，一起对抗邪恶的唐博士军团。

异次元人亚波妄想侵占地球，制造了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的导弹超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的货车驾驶员北斗星司和护士小姐南夕子。二人竭尽全力救援遇难的人们，但终于精疲力尽倒在瓦砾中，但被艾斯·奥特曼所救。而艾斯竟然把自己的生命溶入了二人的身体中......