未来世界，负能量聚合体幻恶肆虐，危及人类文明。古文化专家孙明武被召唤至未来，制造出幻神连接器和幻恶战斗，但仍无力回天。最后一刻，他让小海娜穿越回过去将连接器交给儿子孙晚宁来阻止幻恶的阴谋。孙晚宁临危受命，为了逆转未来，携手古灵精怪的小海娜与沉稳睿智的江陵川，一起拯救世界。

基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。