某日，SSP成员收到了一份神秘的包裹，神秘包裹里装的居然是艾克斯奥特曼的变身器艾克斯闪光。在艾克斯闪光的指引下，SSP队员和凯前去寻找下落不明的大地。没想到的是，凯与SSP等人在寻找大地的时候，居然遇到了伽古拉。伽古拉表面帮助SSP等人寻找大地，暗地里却有着自己的打算。 宇宙魔女贼姆鲁娜乌喜欢将美丽的东西作为宝石收藏起来，如今的她已经成功收集了银河和维克特利的宝石。接下来，她打算将地球也化成宝石收藏起来。新的危机即将降临地球！

有一颗陨石落到涩谷后，从陨石中出现了不明宇宙生物异虫，它们变成人类的样子生活在城市中，不断杀害人类。为了消灭这些异虫，人类成立了一个秘密组织杰特，该组织开发出了假面骑士系统。 某一天，杰特的实习队员加贺美新，遇到了一名古怪的男子天道总司，他称自己是“行天之道，总司一切的男人”。 就在加贺美新以为自己能得到甲斗王变身器的认可时，变身器却飞向了天道总司，利用甲斗王变身器和腰带成功变身成假面骑士甲斗王的天道总司，他能否凭借自己的力量守护世界呢？而这一切的背后所隐藏的秘密又是什么呢？