纽约崩坏后，一夜之间便架构成了名为“赫尔沙雷姆兹·罗特”的城市。在连系着异世界与现世界的这个魔都里，有个为了保持世界的平衡而在暗地里非常活跃的组织——秘密结社·莱布拉。 少年雷欧纳鲁德·渥奇在一连串的巧合下加入了莱布拉，他身上所隐藏的秘密将会带来什么样的影响呢…？

身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但那正左右他自身的命运的“重大的真实”有着连系关系。被堵住去路的艾克赛德与灵骑。 谁能在这穷途末路的危机下拯救这两名假面骑士及人类们，那么，只有那些男人们。