新闻记者丹·杰拉尔多，为拍摄独家新闻采访帕雅部落头领只身前往巴伦比热带丛林。巴比杜作为丹的向导，与丹一起开始了丛林中的冒险之旅。在这场跌宕起伏、惊险滑稽的探险途中，原本平凡而怯懦的两人终于唤醒自身的力量打败了邪恶的植物学家，并各自向家人证明了自己的存在及价值。

兔妈妈去外婆家前，嘱咐小兔子玩耍时小心长尾巴的坏狐狸，要是坏狐狸想抓它，要善于利用自己尾巴短谁也抓不住、腿长跑得快的优点快速逃跑。小兔子在森林中玩耍时，分别得到长尾巴的松鼠和小猴、长耳朵的狗熊的嘲笑，一时忘记妈妈叮咛的它开始抱怨自己为什么与其它的小动物不同，并幻想能有一条长长的尾巴、一对短短的耳朵。用气球和蝴蝶结装扮一番后，小兔子的梦想成真，可是就在它得意洋洋在松鼠和小猴面前显摆之时，危险也降临了。

小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家，于是由双叶镇出发展开路程。在其后，小智的同伴小刚归队，二人邂逅了小光。自此，三人一同结伴旅行。 几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战