蓝精灵们一直在逃避邪恶巫师格格巫的追捕，笨笨误将大家带进了禁地石窟，由于当时是蓝月，所以大伙都被传送到了当今世界的纽约中央公园内。在这里他们一方面要赶在格格巫和阿兹猫（Azrael）找到他们之前回到自己的蘑菇村庄，另一方面只有三个苹果高的他们也要在纽约这座大苹果之城展开冒险。

为了获得更多的蓝精灵精华，邪恶巫师格格巫制造了两个调皮捣蛋的灰色小精灵韦克茜和海库斯。可是他无法从灰精灵那里提取精华，为此格格巫派出韦克茜混入大森林，绑架了即将迎来生日的蓝妹妹，希望能从她口中拷问出蓝爸爸将她变蓝的秘密。 为了营救蓝妹妹，蓝爸爸率领笨笨、厌厌、浮浮重返人类世界，并在他们人类朋友的帮助下，展开了蓝妹妹的营救行动……