玩笑开过头的托马斯不小心将高登的车厢撞脱了轨道，为了惩罚托马斯，胖总管将他分配到多多岛的的另一端工作，与新朋友莱恩一起建造新的火车支线。托马斯为重新展示自己是有用的火车，在新铁路上行走时未有留意危险告示，结果坠落裂缝的地洞，竟发现传说中的海盗船，并与水手约翰和帆船斯基夫结伴，在多多岛展开紧张刺激的寻宝之旅。

一位是作风矫健、机智幽默的联邦特工威斯特，一位是爱耍聪明的易容大师高登，这两个看似一山不容二虎的狠角色却被总统同时召见了，原因是授命他们一同追捕一名神秘毒辣的科学家连环杀手。威斯特和高登只好在摩擦碰撞中培养默契，竟然很快成为一对绝配拍档。经过调查，两人发现原来幕后黑手竟然是曾经的天才博士勒弗里斯，他因在一次实验中失去双腿，只好永久呆在轮椅上，然而残缺的个性与对社会的怨恨让他开始到处作乱，甚至发明了一架巨型的蜘蛛机器滥杀无辜，并企图谋杀总统，统治美国。危机迫在眉睫，威斯特和高登分头来到新奥尔良，驾驶着一列布