这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？

勇敢善战的雷神索尔，作为永恒境界阿斯加德的王位继承人，受人敬仰。然而由于一次鲁莽的行动，险些挑起一场古老的战争，因此被父亲天神奥丁流放到人间。索尔在人间认识了美丽的女科学家简·福斯特和她的工作伙伴，在他们的帮助下，索尔找到了和自己一起被贬的雷神之锤，但此时的雷神之锤并不属于他。此间，索尔的弟弟洛基为了成为阿斯加德的王，居然联合寒冰巨人，企图在永恒境界掀起一场腥风血雨。为了维持永恒之界的法度，索尔的四位朋友也来到人间，他们决定带索尔返回永恒之境。此时，为了阻止雷神重归永恒境界，洛基派出巨人杀死索尔。丧失能力