恐龙大闹圣地亚哥事件四年后，一名小男孩玩滑翔翼不幸失踪在索纳岛上。他的父母请求恐龙专家格兰特博士前往搭救。格兰特博士无论如何也不愿再返回那个鬼地方。虽然发下重誓，但现状不得不让他收回誓言。他的一项史前动物研究陷入资金紧张的窘境。而这时，富有的商人保罗·科比及其夫人阿曼达找到格兰特，邀请他作为向导带他们乘飞机前往索纳岛观光。一方面酬劳颇丰，一方面又得知不用着陆小岛，好了伤疤忘了疼的格兰特接受了他们的邀请。然而事情却朝相反的方向发展，他们的飞机最终迫降小岛。至此他才得知，原来科比夫妇来此的目的竟是为了寻找失踪