黄飞鸿夺得狮王争霸金牌后飘然而去，一时间广东会馆高朋云集纷纷做贺，八旗将军府副都统阿兰成都大人登门拜访，原来八国联军欲使用各自的巨型赛狮挑战清廷，为维护国体，黄飞鸿决定出战与阿兰将军共赴国难。梁宽再度惹下事端被黄飞鸿驱逐，无奈只得与鬼脚七等找到在北京办报的十四姨求助，黄飞鸿亦赶到报馆，却与十四姨卷入了红灯照在租界内屠杀洋人的事端，黄飞鸿出手救人，与红灯照大师姐苗三娘一同被德国兵士关押拷打。越狱而出的黄飞鸿从红灯照手中救出了众亲人，然而却因此错过了赛狮，阿兰成都将军孤身战死。黄飞鸿为国为友，满腔豪情二次挑战

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿、十三姨与梁宽异常气愤。 在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。

晚清期间，黄飞鸿作为南派少林武功传人，在佛山一带已具盛名。某日，黄带同徒弟梁宽及牙擦苏到广州接远从美国回来的十三姨。三人路经铁路工地时，无故惹来工程总管十一少粗暴对待，继而产生争执。不久，黄因出面阻止十一少在闹市胡作非为，双方积怨日深，但却深受猪肉荣等坊众爱戴，恳请黄在当地开办“宝芝林”，设馆授徒，悬壶济世。开张之日，十一少竟派狮队前来抢青捣乱，并假借洋人之手置黄于死地，无奈技不如人，十一少阴谋未能得逞。他本身为关帝厅头目，恃着何提督撑腰，暗中从事贩卖鸦片、人口等罪恶勾当，一直视黄为深腹大患，急欲除之。后

一代宗师黄飞鸿本想安安静静过日子，不料他的“佛山无影脚”名震佛山后，前来拜访的民众络绎不绝，令喜爱清净的飞鸿不堪烦扰。这日，省城的谢老爷邀请飞鸿前来一起为灾民筹款。本来喜爱清净的飞鸿不想前往，后在猪肉荣的劝说下隐瞒身份和一众弟子前往，迎来送往等事宜俱由猪肉荣以飞鸿的身份出面负责。飞鸿在广州邂逅了武艺高强的奇女子双番东，引发了连场爆笑场面。一次偶然飞鸿得悉了谢老板原来接筹款敛财，兴师问罪时发现谢老板居然找来了双番东女扮男装装作黄飞鸿和自己对质！黄飞鸿对黄飞鸿的好似上演了。

清朝末年，林世荣来到广州，成为一名屠夫，外号“猪肉荣”。一次，林世荣因抗拒阿太前来猪肉摊收保护费，与阿太成了不打不相识的朋友，并得知阿太正在悄悄拉帮结派，为的是对付几个明里开武馆、暗里收集情报的日本人。林世荣与阿太联手，经一番恶战，终将日本人的阴谋粉粹，阿太为此牺牲，林世荣决定拜黄飞鸿为师，练好功夫，为保护百姓出力。

该片讲述了黄飞鸿结识寻找妹妹的铁燕父女，铁燕父女发现朝廷的捕快正和僧人在商议贩卖人口的计策。但不料行踪被发现，结果父亲被打伤，女儿只好逃出去向黄飞鸿求救 。