故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。 卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

K和J双人组是FBI所属的一个非正式情报单位的刑警，他们的任务就是监督外星人在地球上的活动，任何外星人如果图谋不轨，就会被这两位身穿黑色西装的特然警歼灭。而在一联串调查未登记外星人访地球记录时，K和J竟发现银河中的恐怖分子正秘密行动准备刺杀另一星球的大使。由于这个举动将引起宇宙间的征战、世界将面临崩溃，K和J必须在地球被外星人渣毁灭前找到这批恐怖分子。K和J这对黑白搭档就带着巨大无敌枪到处对付奇形怪状的外星人，结果却笑料百出，他们到底能不能完成任务呢？

为了守护世界的和平，黑衣人组织王牌探员H和新晋探员M这对全新搭档将联手抗敌。他们这次的对手十分危险，可以随意伪装成任何人的样子，甚至可以伪装成黑衣人探员。他们即将踏上一场环球追缉旅程，拯救黑衣人组织，拯救世界。